史载“三十年一开，则岁丰人和”，唐代200多年的历史，从高宗、武后、中宗再到后来的懿宗和僖宗，都笃信佛教。法门寺在这一时期更是成为皇家寺院以及举世瞻仰的佛教圣地，其佛塔也被誉为“护国真身宝塔”。不过，唐代的第十五位皇帝 唐武宗 不喜欢佛教，上台后不仅颁布法令抑制佛教，在公元841年到845年间进行的灭佛运动中，法门寺首当其冲。然而，武宗的灭佛运动在皇权的转移中迅速停止，不过此时的唐王朝已不复昔日的风采，由盛世转向衰落。
公元873年，唐代第十七位皇帝 唐懿宗 为祈求佛祖保佑，从法门寺地宫请出佛骨迎到长安的皇宫中进行供奉。而这一次也成为最后一次迎送佛骨的活动。礼佛仪式还没有结束，唐懿宗就突然逝世，即位的皇帝 唐僖宗 年仅十二岁。登基后的僖宗做的第一件事就是归送佛骨回到法门寺。 公元874年，伴随着诵经声，佛指舍利连同数千件稀世 珍宝 一同被封入了地宫，并用唐密曼荼罗结坛供养。唐代持续了242年的迎送佛骨的活动，就在那把巨大的铁锁锁上的那一刻，连同供奉的稀世珍宝和佛指舍利本身，被永远地尘封在了地宫深处。 到了 宋代 ，法门寺保留了其在唐代时皇家寺院的恢弘气势，当时仅“浴室院”就可日浴千人。 宋徽宗 更是亲笔提书“皇帝佛国”四字于山门上。金人也刻“诗碑”对法门寺佛塔赞赏有加：“三级风檐压鲁地，九盘轮相壮秦川。” 明清时期，法门寺逐渐走向衰落。明隆庆三年，四级木塔崩塌; 明神宗 万历 七年，杨禹臣、党万良等地方绅士捐资修塔;清 顺治 十一年，佛塔因地震倾斜开裂; 民国**年，爱国人士朱子桥先生主持，对佛塔进行了维修，此次维修工程也是晚明以来最大规模的维修;内乱期间，良卿法师更是用自己的生命保护佛骨舍利，点火自焚以阻止士兵的行为。 1987年4月3日，现场工作人员无意在浮土下面发现了一块白玉石板，石板上面还刻有一尊雄狮浮雕。谁也不会料到，因为重修，一个埋藏了有1000多年的绝世秘密就要重见天日。 考古 队员立刻赶到白玉石旁，推开放在旁边的碎石板，一个狭小幽深的洞口出现在大家眼前。莫非传说中的佛骨舍利就埋藏于此? 在挖掘出19级青石台阶后，一道石门显露出来，考古队员更是在前面大殿后发现一个漫步踏道，如果没有猜错，这应该是通往地宫的出入口。紧接着，考古人员巧妙地将石门上面的铁锁打开，这把锁因年代久远，早已锈蚀。 4月9日，地宫第一道门被打开。随之而来的是扑鼻的霉味以及石门后面铺着厚厚一层钱币的长长的甬道。这些铺在地上的钱币加起来一共有2万枚，其中13枚是由 玳瑁 制成的纪念币。这也是中国钱币考古的首次发现。往里走有一段幽暗的隧道，隧道四周是由黑色大理石拼贴而成的墙壁和地板，上面还有特殊斑驳。隧道的尽头，两块黑色大理石材质的石碑映入所有人的眼帘。在手电光的照射下，工作人员发现一块碑文上记载了从阿育王分送舍利贡于法门寺，到后来中国历朝历代特别是 唐朝皇帝 供奉佛指舍利的盛况;另外一块碑文上则记录了为供奉佛指舍利所捐赠物品的名称、数量以及捐赠者的名字。从碑文上所记录的文字来看，传说中神秘的佛指舍利以及供奉它的奇珍异宝是确切存在的。
当考古人员移开两块石碑后，又一道石门出现在众人眼前，石门上面还分别雕刻了一尊精美的菩萨像。打开石门，地上叠放着一堆又一堆依然精美光鲜的丝织品。 令所有人没有想到的是，在阿育王塔的后面还有另外一道石门，这道门的门扇上雕刻着 天王 力士彩绘浮雕，考古人员猜测，这后面必然还有密室。当他们揭开上面已经破碎的大理石盖板，从顶部直接进入之后，数百件金银器还有各种珠宝呈现在他们面前。 在第三道石门后面则是地宫的中室。中室被一顶汉白玉灵帐所占满，灵帐体积硕大，顶端罩有三件袈裟，袈裟由纯金罗纹线和丝线交织而成。灵帐旁边还放了一双金丝绣花鞋。考古人员还在灵帐的后面发现一只檀木箱，因年代久远，檀木已腐朽，箱内装满了瓷器。 经陕西省考古研究所研究员禚振西介绍，这些瓷器均为秘色瓷。秘色瓷是青瓷当中的顶级作品，烧制工艺复杂，在当时比金银还要珍贵，通常只作皇室贡品。如今，烧制秘色瓷的工艺已经失传。 此外，考古人员还在法门寺地宫中室意外发现20件玻璃制品。在那个时候，只有伊斯兰国家才有如此精湛的玻璃烧制技术，并且玻璃器物上所饰有的纹饰带有很强的伊斯兰风格。所以，据考古专家推断，这些在当时精贵的玻璃制品极有可能是从异域传来的。此次发现的玻璃盘更被认为是世界上迄今为止发现的最早的伊斯兰釉彩玻璃。 地宫的挖掘工作很快接近尾声，最后只剩下前室的阿育王塔、中室的汉白玉灵帐以及后室的一个用丝绸包裹着的大包裹还未打开。置于后室的大包裹的结已经炭化，考古工作人员花了足足两个小时的时间才把它解开。 解开后一个耀眼夺目的宝函露了出来，宝函层层相套，一共套了8层，最外面的是檀香木的，早已腐朽，接下来依次是金、银、玉、珍珠等。而在宝函的最里面放着一座金光闪闪的纯金四门小塔。 起初，工作人员误以为这个铁函就是佛指舍利，但经过仔细鉴定发现这枚与真身志文塔上面所描述的佛指舍利有所出入。这枚舍利是玉质的。就在人们失望之时，一名年轻的考古工作人员却在已经清理空的地宫后室的一个角落发现有片松动的浮土。待把浮土挖开，一个密龛露了出来，密龛中间放有一个包裹，里面是一个铁函。考古专家利用X光机对其进行扫描后发现，铁函内确实存有异物。5月10日凌晨，陕西省考古研究所研究员韩伟打开铁函，里面仍然是一层套一层的结构。首先进入人们视野的是一大一小两颗水晶珠子，下面是一个镏金函，用丝绸包裹着。镏金函的里面是檀香木函，接下来是水晶椁子。在水晶椁子的最里面放着一个洁白无瑕的小玉棺，而传说中的佛指则静静地躺在玉棺内。
经过考证，这枚佛指与志文碑上所记载的完全吻合：中间有纹，纹并不彻。法门寺监院智严法师介绍说，根据史料记载，指骨舍利不同于其他舍利，世界上只有唯一的一枚，而其他舍利还会有同类的若干舍利。
在这之后，考古工作人员分别从汉白玉灵帐和阿育王塔中又发现了两枚玉质的佛骨，如此一来，地宫内目前总共发现了一骨三玉四枚佛指舍利。而这又是为何呢?原来当年唐武宗因讨厌佛教，上台后不仅抑制佛教的发展，还下令将佛骨调到他面前当殿碾碎。法门寺的和尚冒着生命危险把佛指保留了下来，而当殿碾碎的那个佛指只是一个复制品。
法门寺地宫所藏的四枚舍利，一枚是真身佛指，是灵骨，另外三枚玉质佛指是影骨。影骨既是灵骨的复制品，又对灵骨起到了很好的保护作用。几经周折，佛教界至高无上、 独一无二 的佛祖真身指骨舍利终于显身。然而玄妙的佛的世界，似乎还有更多的谜团等待后人的破解。
